Ngày 6 tháng 10 năm 1951, Quân Giải phóng Dân tộc Malaya phục kích và sát hại Cao ủy Anh Henry Gurney, sự kiện này được mô tả là nhân tố chính khiến dân cư Malaya hoàn toàn bác bỏ chiến dịch của Quân Giải phóng Dân tộc Malaya, và cũng dẫn đến lo ngại phổ biến do nhận thức "nếu ngay cả Cao ủy còn không an toàn, thì ít có hy vọng trong việc bảo hộ và an toàn cho quần chúng tại Malaysia."[15] Sau này, thủ lĩnh của Quân Giải phóng Dân tộc Malaya là Trần Bình nói rằng việc sát hại có ít tác động, và rằng những người cộng sản dù sao chăng nữa đã thay đổi chiến lược căn bản của mình trong tháng đó theo "Nghị quyết Tháng mười".[16] Nghị quyết Tháng Mười là một phản ứng trước Kế hoạch Briggs, liên quan đến thay đổi các chiến thuật bằng cách giảm các cuộc tấn công và các mục tiêu kinh tế và thường dân, gia tăng các nỗ lực và các tổ chức chính trị và lật đổ chính phủ, và củng cố mạng lưới tiếp tế từ Dân vận cũng như canh tác trong rừng.

Người kế nhiệm của Gurney là Gerald Templer được chính phủ Anh chỉ thị thúc đẩy tức thì các biện pháp để trao quyền tuyển cử cho dân cư người Hoa. Ông cũng tiếp tục kế hoạch Briggs, và đẩy nhanh việc hình thành một quân đội Malaysia. Đồng thời, ông nói rõ rằng bản thân Tình trạng khẩn cấp là trở ngại chính trong việc đẩy nhanh phi thuộc địa hóa. Ông cũng tăng phần thưởng tài chính cho bất kỳ thường dân nào phát hiện quân du kích, và mở rộng mạng lưới tình báo.

Ngày 8 tháng 9 năm 1955, Chính phủ của Liên bang Malaysia ban hành một tuyên bố ân xá cho những người cộng sản.[17] Chính phủ Singapore cũng ban hành một tương tự. Thủ hiến Tunku Abdul Rahman thực hiện đề nghị ân xá song hứa sẽ không có đàm phán với Quân Giải phóng Dân tộc Malaysia. Các điều khoản của lệnh ân xá là:

• Những người cộng sản tự nguyện đầu hàng sẽ không bị truy tố vì bất kỳ vi phạm nào liên quan đến Tình trạng khẩn cấp, cho dù là trước hoặc khi chưa biết tuyên bố này.
• Đối tượng đầu hàng lập tức và với người mà họ mong muốn, bao gồm các thành viên dân chúng.
• Sẽ không có tổng đình chiến, song lực lượng an ninh sẽ cảnh giác để giúp những người muốn chấp thuận đề nghị và do vậy sẽ sắp xếp các đợt đình chiến cục bộ.
• Chính phủ sẽ tiến hành điều tra những người đầu hàng, những ai chứng tỏ bản thân thực sự có ý định trung thành với Chính phủ Malaysia và từ bỏ các hoạt động cộng sản của họ sẽ được giúp đỡ nhằm phục hồi vị thế bình thường của họ trong xã hội và được đoàn tụ với gia đình họ. Những người còn lại, họ sẽ bị hạn chế quyền tự do song nếu ai có nguyện vọng đến Trung Quốc thì sẽ được xem xét.[18]

Sau tuyên bố này, chính phủ tiến hành một chiến dịch tuyên truyền mạnh mẽ với quy mô chưa từng có. Các bộ trưởng trong chính phủ liên bang đi khắp nước để kêu gọi những người cộng sản hạ vũ khí và nắm lấy cơ hội ân xá. Các cuộc tuần hành thị uy quần chúng nhằm ủng hộ lệnh ân xá được tổ chức tại các đô thị và làng. Bất chấp chiến dịch, có ít người cộng sản đầu hàng nhà đương cục. Những người cộng sản được răn đe từ trước, họ tổ chức tuyên truyền chống ân xá mạnh mẽ trong hàng ngũ, siết chặt kỷ luật và cảnh báo rằng hành động đào tẩu sẽ bị từng phạt nghiêm khắc. Một số nhà phê bình trong giới chính trị nhận xét rằng lệnh ân xá quá hạn chế và chỉ là một sự điều chỉnh các điều khoản đầu hàng có hiệu lực trong một thời gian dài. Những nhà phê bình ủng hộ một cách tiếp cận thực tế và tự do hơn, với các cuộc đàm phán trực tiếp với Đảng Cộng sản Malaysia để tìm ra một giải pháp cho vấn đề. Các quan chức hàng đầu của Đảng Lao động không loại trừ khả năng công nhận Đảng Cộng sản Malaya là một tổ chức chính trị trong nỗ nỗ lực nhằm giải quyết vấn đề. Trong nội bộ Liên Minh cầm quyền, những nhân vật có ảnh hưởng trong cả Công hội người Hoa Malaysia và Tổ chức Dân tộc Mã Lai Thống nhất đã nỗ lực thuyết phục Thủ hiến Tunku Abdul Rahman tổ chức các cuộc đàm phán với Đảng Cộng sản Malaysia.[18]

Nhận thấy xung đột không đem lại kết quả nào, Trần Bình tìm kiếm một cuộc thảo luận với chính phủ Anh cầm quyền cùng với nhiều quan chức Malaysia vào năm 1955. Các cuộc đàm phán diễn ra tại trường chính phủ Anh tại Baling vào ngày 28 tháng 12. Đại diện cho Đảng Cộng sản Malaya là Tổng Bí thư Trần Bình, cùng với Rashid Maidin và Trần Điền; đại diện cho chính phủ là Tunku Abdul Rahman, Trần Trinh Lộc và Thủ hiến Singapore David Saul Marshall. Cuộc họp được dự tính nhằm thúc đẩy kết thúc xung đột, song các đại biểu của chính phủ Malaysia mà đứng đầu là Tunku Abdul Rahman lại bác bỏ toàn bộ các yêu cầu của Trần Bình. Kết quả là xung đột tăng cường, New Zealand và các thành viên khác trong Thịnh vượng chung gửi quân đến viện trợ cho Anh.

Sau khi đàm phán thất bại, Tunku quyết định thu hồi lệnh ân xá vào ngày 8 tháng 2 năm 1956, năm tháng sau khi nó được đưa ra, ông nói rằng bản thân không sẵn sàng gặp lại những người cộng sản trừ khi họ biểu thị trước mong muốn của họ là được gặp ông với quan điểm "đầu hàng hoàn toàn".[19] Bất chấp đàm phán thất bại, Đảng Cộng sản Malaya tiến hành mọi nỗ lực nhằm nối lại đàm phán hòa bình với chính phủ Malaya, song không thành công. Trong khi đó, các cuộc thảo luận bắt đầu trong Hội đồng Hoạt động Tình trạng khẩn cấp mới nhằm đẩy mạnh "Chiến tranh nhân dân" chống quân du kích. Trong tháng 7 năm 1957, một vài tuần trước khi Malaya độc lập, Đảng Cộng sản Malaya tiến hành nỗ lực khác nhằm đàm phản hòa bình, biểu thị các điều kiện thương lượng hòa bình:

• Các thành viên phải được hưởng quyền công dân
• Một đảm bảo rằng các thành viên chính trị cũng như vũ trang của Đảng Cộng sản Malaysia sẽ không bị trừng phạt.

Tuy nhiên, Tunku Abdul Rahman không phúc đáp các đề xuất của Đảng Cộng sản Malaysia, và cuộc nổi dậy mất căn cứ chiến tranh giải phóng thuộc địa khi Malaysia độc lập từ ngày 31 tháng 8 năm 1957. Sự kháng cự đáng kể cuối cùng của các du kích MRLA kết thúc bằng một cuộc đầu hàng tại khu vực đầm lầy Telok Anson vào năm 1958. Lực lượng MRLA còn lại rút đến biên giới với Thái Lan và xa hơn về phía đông. Ngày 31 tháng 7 năm 1960, chính phủ Malaysia tuyên bố tình trạng khẩn cấp kết thúc, và Trần Bình dời từ miền nam Thái Lan đến Bắc Kinh, được Ban Đối ngoại Trung ương Đảng Cộng sản Trung Quốc sắp xếp cư trú.